국세청은 12일 연합뉴스 <국세청 6년 동안 종부세 더 물렸다…대법 첫 판결>제하 기사에 대해 “우리 청은 지난 2009년 2월 개정된 종부세법 및 시행령이 규정하는 대로 종부세의 공제할 재산세액을 적법하게 산정해 과세하고 있다”고 밝혔다.

다만 “이번 대법원 판결은 재산세가 과다하게 공제되는 결과를 초래하고 개정법령의 입법취지와 문언에도 일치하지 않으므로 향후 파기환송심에서 관련부처와 협의해 이러한 부분에 대해 적극 설명하고 대응할 예정”이라고 덧붙였다.

국세청은 “종부세는 2009년부터 종부세법 개정으로 공시가격에서 공제액인 6억을 차감한 후 공정시장가액비율(80%)를 곱해 과세표준을 산정해 부과됐다”고 설명했다.

이에 따라 관련법 시행령과 시행규칙에서 종부세와 재산세가 중복 부과되는 부분에 대한 공제할 재산세액도 ‘실제 종부세가 부과되는 영역’인 [(공시가격-공제액)×공정시장가액비율(80%)=과세표준]에 상당하는 재산세를 공제하는 것으로 개정됐다.

대법원은 종부세 과세대상 부동산에 대해서 그에 상응하는 재산세액만큼을 공제해야 이중과세를 방지하게 되는데 시행규칙에서 정하는 계산방식은 법령이 정하고 있는 것보다 공제할 재산세액의 범위를 축소한 것으로 위법한 내용이라고 판시했다.

그러나 국세청은 “이에 따르면 공정시장가액비율(80%) 외 실제로 종부세가 부과되지 않는 영역(20%)에 대한 재산세상당액도 과다하게 공제하게 된다”고 반박했다.

이날 연합뉴스는 “국세청이 2009년 이후 거둬들인 종합부동산세 가운데 일부가 이중과세에 해당하므로 돌려줘야 한다는 취지의 대법원 첫 판결이 나와 파장이 예상된다”고 보도했다.

문의 : 국세청 자산과세국 부동산납세과 044-204-3401