행정안전부는 “지방세법 시행령이 개정돼도 사립학교의 토지 보유세 부담 완화를 위해 충분한 기간(8년)에 걸쳐 점진적으로 적용된다”고 밝혔습니다.
11월 29일 파이낸셜뉴스 <사학 소유지 분리과세 제외땐 사립대 교육 투자 줄어든다>에 대한 행정안전부의 설명입니다
[기사 내용]
□ 11월 29일(월), 파이낸셜뉴스「사학 소유지 분리과세 제외땐 사립대 교육 투자 줄어든다」제하의 보도에서,
○ 행정안전부가 추진 중인「지방세법 시행령」이 개정되면 사립학교의 세부담이 과중하며, 결과적으로 교육투자 감소로 이어진다고 지적
[행안부 입장]
≪제도개선 취지≫
□ 사립학교의 교육용 토지에 대해서는「지방세특례제한법」에 따라 매년 약 4,884억원(’20년기준)의 지방세*를 면세하고 있는데,
* 취득세, 재산세(도시지역분포함), 지역자원시설세, 주민세, 등록면허세
○ 이번「지방세법 시행령」개정은 이러한 면세규정은 그대로 유지하면서, 현행 법령상 분리과세 대상이 아닌 ’95년 이후 취득한 교육용 토지에 대해서도 분리과세 혜택을 주려는 것입니다.
○ 아울러, 수익용토지나 유휴토지 등 비교육용 토지에 대해서는 적정 세부담을 부담하도록 과세를 정상화하려는 것입니다.
※ 골프장, 백화점부지, 상업용빌딩부지, 숙박시설부지 등 수익용토지 외에 논, 밭, 임야, 섬 등 사립학교 재정에 기여하지 않는 유휴토지도 보유중
≪세부담 관련≫
□「지방세법 시행령」이 개정되어도 사립학교의 토지 보유세 부담 완화를 위해 충분한 기간(8년)에 걸쳐 점진적으로 적용하게 됩니다.

○ 시행령이 시행되기 시작하는 내년에는 골프장, 백화점 부지 등 고수익 토지에 합산과세가 적용되어 일부대학에 45억원의 세부담 증가가 예상되며, 향후 유예기간 및 합산비율에 따라 세부담은 완만하게 증가하게 됩니다.
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※ 행안부가 발표한 세부담 추계치는 학교법인에 실제 과세한 부과자료(’20년기준) 및 관련법령에 따라 제공되는 과세자료 등을 모두 고려하였으며, 개별 토지에 적용되는 과세구분, 과세표준 및 세율, 세부담상한 등 지방세법령에서 정하고 있는 산출구조가 구축된 지방세 전산시스템을 통해 추계한 수치입니다.
○ 특히, 수익용재산으로 분류되나 수익이 거의 발생하지 않는 논이나 임야 등 유휴토지에 대해서는 5년간 유예기간을 부여하여, 5년간 세부담이 전혀 늘어나지 않습니다.
○ 따라서, 충분한 유예기간 동안 유휴토지를 처분하거나 교육용으로 전환할 경우 보유세 부담은 낮아지게 됩니다.
≪과세형평성 측면≫
□ 이번「지방세법 시행령」개정은 다른 수익용 재산과의 형평성, 이미 정비된 비영리사업자와의 형평성, ’95년 이후에 취득한 토지와의 형평성 등 과세형평성 측면에서도 개정할 필요가 있습니다.
① 사립학교는 수익용 재산으로 토지 외에도 건물, 유가증권, 신탁예금 등으로 보유할 수 있는데,
○ 토지 외의 다른 수익용재산에 대해서는 세제혜택이 거의 없는 상황에서 상업용·유휴토지에 대해서만 세제혜택을 부여하게 되면, 교육기관인 학교가 본연의 목적과 상관없이 토지를 과도하게 보유하도록 사실상 허용하게 되는 점을 고려할 필요가 있습니다.
② 한편, 종교단체, 사회복지법인 등 다른 비영리단체는 이미 수익용토지를 합산과세로 전환하였는데,
○ 이들 법인도 재산의 처분이 사실상 제한되고, 수익금의 대부분을 다시 고유목적 사업에 전출하고 있는 점 등을 고려할 때, 특별한 사정이 없는 한 사립학교만 적용을 배제할 수는 없습니다.
③ 현행 규정은 ’95년 이전부터 보유했다는 이유로 수익용 토지나 나대지와 같은 비교육용 토지에 세제혜택을 부여하고 있는데,
○ ’95년 이후에 신설된 학교의 경우 비교육용 토지에 대해서는 일반법인과 동일한 세부담을 부담하는 측면도 감안할 필요가 있습니다.
문의 : 행정안전부 부동산세제과(044-205-3839)
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