조세심판원, ’23년3/4분기

주요 심판결정 공개

-국민의 경제활동 등 일상생활과 밀접한 관련이 있는 주요심판결정 3건을 선정

- [조심2023인7536] 청구인의 출판(제조업) 사업장은 ‘공장’ 관련 요건을 충족하므로 중소기업 지방이전 관련 세액감면 대상임  

- [조심2023서616] 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고기한까지 임대사업자등록을 신청하였고, 이후 실제 등록되었으므로 청구인이 보유한 임대주택은 합산배제 대상임

- [조심2022지1848] 공공주택사업자에게 주택을 공급하기 위하여 관련 부동산을 취득하고, 이후 공공주택사업자에게 주택 매도약정을 체결한 경우 취득세 감면대상에 해당함

□조세심판원(원장: 황정훈)은 ’23년 3/4분기 조세심판사건 중 국민의 경제활동 등 일상생활과 밀접한 관련이 있는 3건의 심판결정을 선정하였다.

ㅇ이번 심판결정 공개를 통해 납세자의 세금 신고·납부와 관련 경제생활 등에 실질적으로 도움이 되길 기대한다.

□‘23년 3/4분기 주요 심판결정 사례

① 조심 2023인7536, 2023.9.26. (인용)

ㅇ「조세특례제한법」제63조는 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전하여 사업을 개시한 경우, 일정기간 동안 소득세 또는 법인세를 감면하도록 규정하고 있는데,

- 같은 법 시행령 제54조는 ’공장’에 대하여 제조장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다고 규정하고 있다.

ㅇ 청구인은 수도권과밀억제권역 내 주소지(서울 및 고양시 소재 아파트)에서 2년 이상 사업장을 두고 제조업(서적 출판업)을 영위하다가 2018년 권역 밖인 파주시로 사업장을 이전하였고,

- 그에 따라 2022년 「조세특례제한법」 제63조에 따른 세액감면을 적용하여 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데,    

ㅇ 처분청은 청구인의 사업장이 공장시설을 갖춘 사업장에 해당하지 않는다고 보아 이를 거부하였다.

ㅇ심판부는, 파주출판문화단지 관할 지방국세청장이 2009년 출판업 사업장의 ’공장‘ 여부 기준설정을 위해 관련 사업운영실태를 확인한 결과에 따르면, 1990년 이후 많은 인력, 공간 및 장비가 요구되는 인쇄출판이 사라지고, 사무실(사업장) 내에 컴퓨터, 소프트웨어 등을 갖추고 출판의 주요공정에 해당하는 기획, 원고입수, 조판, 교정 등을 수행한 후 인쇄, 제본 등 제조활동의 일부 공정을 외주가공 처리하는 전자출판이 급속히 발전하였는데, 이러한 전자출판의 경우에도 해당 사무실이 ‘공장’에 해당하는 것으로 기준을 설정하여 세액감면 대상으로 삼아 왔던 점, 현재의 출판업의 특성을 감안하면 공장의 물리적 실체를 보다 넓게 해석할 필요가 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하여, 청구인의 사업장이 ‘공장’에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다.

②조심 2023서616, 2023.8.21. (인용)

ㅇ「종합부동산세법」제8조 제2항 제1호는 임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 배제되는 주택 중 하나로 규정하고 있고,

- 같은 법 시행령 제3조 제1항 전단은 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택을 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 배제되는 임대주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)으로 정의하고 있으며,

-「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호는 임대사업자란 공공주택사업자 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조(임대사업자의 등록)에 따라 등록한 자를 말한다고 규정하고 있다.

- 한편,「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 후단은 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 합산배제 신고기간 종료일(해당연도 9월 30일)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있다.

ㅇ 청구인은 2021년 종합부동산세 합산배제 신고기간의 종료일인 2021.9.30. 관할 구청장에게 임대사업자 등록을 신청하였고(이후 최종 등록은 2021.11.11. 이루어졌다), 2021.12.7. 처분청에 종합부동산세 임대주택 합산배제 신고를 하였다.  

ㅇ 처분청은 합산배제 신고기한(2021.9.30.) 이후 임대사업자 등록이 완료 되었다는 이유로, 청구인의 위 신고를 거부하고, 청구인이 보유한 임대주택(다세대주택)을 합산하여 종합부동산세를 부과하였다.

ㅇ 심판부는, 청구인이 2021.9.30. 임대사업자 등록을 신청하였고, 임대사업자 등록 업무는 별도 심사 등의 절차 없이 신청 당일에도 처리될 수 있는데, 특별한 이유 없이 청구인에 대하여는 42일의 장기간이 소요된 점 (신청 당시 처리 예정기한은 2021.10.8.이었다), 처분청 의견처럼 실제 등록일만을 고수할 경우 관할 구청의 민원처리 소요기간에 따라 합산배제 임대주택 여부가 달라져 납세자의 예측가능성과 조세법률 관계의 안정성을 침해할 수 있는 점 등을 고려하여, 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자 등록이 완료되지 아니하였다는 이유로 청구인의 합산배제 신고를 거부하고, 종합부동산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다.

③조심 2022지1848, 2023.8.24. (인용)

ㅇ「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항은 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고,

- 같은 조 제3항은 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 착공하지 아니한 경우 경감받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.

ㅇ 청구인은 2022.4.8. 매입임대주택 사업을 위해 공공주택사업자에게 건축허가 전 주택의 매도신청을 하였고, 2022.5.20. 해당 주택이 소재할 토지 및 그 지상 건축물(토지 및 지상건축물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 같은 날 취득세 등을 신고·납부하였다가, 2022.7.21. 주거용 건축물을 건축하여 공공주택사업자에게 매도한다는 내용의 약정을 체결하였다. 이후 청구인은 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항의 취득세 감면 대상에 해당한다고 보아 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

ㅇ 처분청은, (약정 체결 후 쟁점부동산을 취득한 것이 아니라) 쟁점부동산을 취득한 후 공공주택사업자에게 주택을 매도 하기로 약정을 체결한 것은 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항의 감면대상으로 볼 수 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

ㅇ 심판부는 공공주택사업자인 한국토지주택공사 및 서울주택도시공사의 민간신축 임대약정 사업의 일반적 진행절차를 보면 먼저 사업부지 등을 취득한 후 매입약정을 체결하는 것으로 확인되는 점, 청구인의 경우 쟁점부동산을 취득하기 위한 계약서상 쟁점부동산이 민간신축 임대약정 사업에 사용될 것으로 확인되는 점, 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전 이미 공공주택사업자에게 임대약정을 위한 매도신청을 한 것으로 확인되는 점, 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항에 따라 부동산을 취득한 후 1년 이내에 미착공 시 추징하도록 같은 조 제3항의 보완규정을 두고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 주택 매도약정을 체결한 경우에도 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적이므로 청구인의 경정 청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단하였다.

□ 상기와 같은 ‘23년 3/4분기 주요 결정의 요약내용은 붙임과 같으며, 그 전문(全文) 등은 조세심판원 홈페이지(www.tt.go.kr “심판결정례 – 주요심판결정례”)에서 확인할 수 있다.

ㅇ이외의 다른 일반 조세심판 결정 내용(전문)도 위 홈페이지(“심판결정례 – 통합검색”)에서 검색 및 확인이 가능하다.