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질병청, 2026년 예산 1조 3,359억 원 확정(12.3.수)

2025.12.03 질병관리청

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질병청, 2026년 예산 1조 3,359억 원 확정

- 2025년 1조 2,661억원 대비 698억원(5.5%) 증액

- 차기 팬데믹 대비를 위한 감시·대응 체계 고도화, 독감·HPV 등 예방을 위한 예방접종 확대 및 만성질환 예방·관리 등에 중점 투자

질병관리청(청장 임승관)은 2025년 12월 2일(화) 국회 의결을 거쳐 2026년도 예산이 2025년(1조 2,661억원) 예산 대비 698억원(5.5%) 증액된 1조 3,359억 원으로 최종 확정되었다고 밝혔다.

이번 국회 심의 과정에서는 ▲차기 팬데믹 대비를 위한 조류인플루엔자 백신(3.8만명분) 구매비, ▲희귀질환자지원을 위한 전문기관 및 등록관리사업 확대, ▲생물테러 대비·대응을 위한 두창 백신 구매비, ▲국가손상예방 관리체계 강화를 위한 연구비 등 총 47억 원이 증액되었다.

[주요 국회 증액 사업 현황]

(단위 : 백만원)
사업명	'25년	'26년(안)	국회 증액	'26년 확정	주요 내용
신종감염병 위기상황 종합관리	8,052	8,213	+2,472	10,685	·초동대응요원(3.8만명) 조류인플루엔자 백신 구매비
손상예방관리	4,574	4,994	+500	5,494	·AI기반 손상위험 예측 모델 개발 연구
생물테러 대비·대응 역량강화	10,045	9,498	+1,347	10,845	·두창백신 추가 구매
희귀질환자지원	31,340	23,064	+280	23,344	·전문기관 및 전담인력 운용 기간 확대
기관운영 기본경비(비총액)	2,616	2,694	+143	2,837	·공직자 포상 확대

질병관리청 2026년도 예산은 ① 상시 감염병 예방·관리 및 퇴치, ② 새로운 감염병 유행에 대한 선제적 대비·대응, ③ 만성질환 관리 및 건강위해 예방, ④ 국가 보건의료 역량 제고 등에 중점을 두고 편성하였다.

첫째, 상시 감염병 예방·관리 및 퇴치

① 학령기 청소년 독감을 예방하기 위해 인플루엔자 접종 대상 연령을 13세 이하에서 14세 이하로 확대*하고, 자궁경부암·구인두암 예방을 위해 그간 여성(12~26세)을 대상으로 하던 사람유두종바이러스(HPV) 예방접종은 이번에 처음으로 12세 남아를 대상자로 확대**하였다.

* 청소년 인플루엔자 : ('25) 500억원 → ('26) 546억원

** 사람유두종바이러스(HPV) 예방접종 : ('25) 210억원 → ('26) 303억원

② 또한 최근 출생아수 증가 추세를 반영하여 국가필수예방접종*을 차질없이 시행할 수 있도록 하고, 예방접종을 효율적․체계적으로 관리하기 위한 차세대 통합관리시스템 구축 예산도 본격적으로 반영**하는 한편, 65세 이상, 면역저하자 등 고위험군을 대상으로 코로나19 예방접종도 지속 지원할 예정이다.

* 국가예방접종실시(지자체보조) : ('25) 3,567억원 → ('26) 4,371억원(※ HPV, 청소년 인플루엔자 예방접종이 포함된 예방접종 전체 예산)

** 차세대 예방접종통합관리시스템 구축 : ('25) 63억원 → ('26) 104억원

③ 결핵환자 조기발견, 복약지도 등 환자관리를 위한 의료기관 전담간호사 및 보건소 전담요원을 지원*하고, 노인․노숙인 등 고위험군․취약계층에 대한 결핵 검진 지원도 지속할 예정이며, 의료 접근성이 낮은 한센인을 대상으로 하는 이동검진 서비스 질도 제고**할 예정이다.

* 의료기관 및 보건소 환자관리 : ('25) 242억원 → ('26) 250억원

** 한센민간단체 지원 : ('25) 40억원 → ('26) 51억원

④ 「감염병예방법」에 따라 법정감염병의 발생 양상과 감염병 대응 조직 현황 등 관리 실태를 파악하는 감염병 실태조사 예산*과 2030년까지 퇴치를 목표로 하는 B·C형 바이러스 간염에 대한 인증지표 개발 및 홍역, 풍진, 폴리오 WHO 퇴치·박멸인증국 유지를 위한 평가 수행 등에 필요한 예산**을 신규로 반영하였다.

* 감염병 실태조사(신규) : ('26) 2억원

* 상시감염병 퇴치·박멸 인증 및 관리(신규) : ('26) 1억원

둘째, 새로운 감염병 유행에 대한 선제적 대비·대응

① 코로나19와 같은 신·변종 감염병 유행(Next pandemic)을 조기에 인지할 수 있도록 호흡기감염병 표본(임상) 감시기관(300개→800개)과 병원체 감시기관(50개→100개)을 대폭 확충*하고, 하수 기반 감염병 감시(하수처리장 99개→105개) 등 보완적 감시체계 예산**도 반영하여 다층적 감염병 감시체계를 강화하였다.

* 주요 표본감시, 병원체 감시·운송시스템 등 : ('25) 18억원 → ('26) 31억원

** 하수 기반 감염병 감시 : ('25) 10억원 → ('26) 12억원검역구역 내 해외유입 매개체 감시(신규) : ('26) 6억원

② 차기 팬데믹의 유력한 후보로 예상되는 조류인플루엔자(AI) 인체감염증 유행에 대비하기 위해 살처분 참여자 및 의료인 등 초동대응인력(3.8만명) 예방접종을 위한 백신 구매비를 신규로 반영하였다

* 비축의약품 구입(신규) : ('26) 25억원

③ 감염병으로 인한 국가 공중보건위기 상황에 대응하기 위한 권역 감염병 전문병원 구축사업*을 본격적으로 추진하고, 관계부처·지자체와 현장 중심 통합 감염병 위기 대응 훈련을 실시할 수 있는 예산을 반영하였고, 코로나19 이후 변화된 상황에 맞는 국가 감염병 병상체계 운영 전략을 마련하는 예산**을 신규 반영하였다.

* 권역감염병전문병원 구축 : ('25) 0.5억원 → ('26) 172억원

** 감염병 병상체계 정책 연구(신규) : ('26) 2억원

④ 테러 가능성이 높은 대표적인 생물학무기 중 하나인 두창의 백신 비축 필요성 등을 고려하여, 전년 대비 약 3배*의 예산을 증액하였다.

* 생물테러비축물자(두창) 구입 : ('25) 14억원 → ('26) 40억원

셋째, 초고령사회 대비 만성질환 및 건강위해 관리 체계 강화

① 희귀질환자에 대한 체계적 관리 및 지원을 강화하기 위해 전문기관을 확대 지정(17개→19개)하고, 각 전문기관마다 전담인력을 배치할 수 있도록 하였으며, 의심 환자가 조기에 진단 및 지원 받을 수 있도록 '희귀질환 진단지원' 사업도 확대(800건→1,150건) 추진할 계획이다.

* 희귀질환 지원사업 관리 : ('25) 42억원 → ('26) 55억원

② 지역단위 건강통계 생산을 위한 지역사회건강조사에 비대면 조사를 선택할 수 있는 혼합조사를 도입해 나갈 예정이며, 일부 지역을 대상으로 조사방식 변화에 따른 영향 평가를 실시할 예정이다.

* 혼합조사 영향 평가(신규) : ('26) 1억원

③ 심뇌혈관질환의 기저질환인 고혈압․당뇨병 관리를 위한 고혈압·당뇨병 등록교육센터(19개소)와 알레르기질환 예방을 위한 시·도 아토피·천식 교육정보센터(11개소)를 지속 운영하며, 국가 진단검사 표준화 체계 구축 사업을 통해 만성질환 관련 진단검사 질관리도 강화할 예정이다.

* 만성질환 예방관리 : ('25) 139억원 → ('26) 143억원

④ 「보건의료기본법」에 따라 5년마다 실시하는 제2차 기후보건영향 평가와 관련하여 신규 지표 발굴, 평가·분석체계 고도화 및 기후 취약성 분석 도입 등을 통해 차질없이 평가를 수행함으로써 지구 온난화 등 기후변화가 국민 건강(신체적·정신적)에 미치는 영향을 파악하여 정책에 반영할 예정이다.

* 기후위기 대비 기후보건 인프라 구축 : ('25) 4억원 → ('26) 8억원

넷째, 미래 건강위협 대비 보건의료 역량 제고

① 신종 감염병 유행 대비 백신 개발을 위해 mRNA 백신 등 차세대 백신 플랫폼 개발 연구지원*을 지속하고, 공공연구기관의 감염병 대비 신속개발 협력 강화**를 위한 예산을 신규로 편성하였다.

* 팬데믹 대비 mRNA 백신 개발 지원사업(R&D) : ('25) 254억원→ ('26) 264억원감염병 관리기술 개발연구(R&D)(감염병 백신 플랫폼 고도화 연구)(신규) : ('26) 86억원

** 공공기관 임무중심 감염병연구 다부처협력사업(R&D)(신규) : ('26) 13억원

② 디지털 헬스케어 혁신성장 체계 구축을 위한 고품질 바이오 빅데이터 구축* 사업 및 희귀·난치질환 관련 연구**를 확대하는 한편, 소아비만·소아당뇨, 노인중증호흡기질환 등 건강취약계층의 보호를 위한 연구 예산***을 신규로 편성하는 등 보건의료 연구기반을 강화하기 위한 투자를 지속 확대할 예정이다.

* 국가통합바이오빅데이터구축사업Ⅱ(R&D) : ('25) 12억원 → ('26) 199억원

** 형질분석연구(R&D) : ('25) 50억원 → ('26) 118억원

*** 소외질환 극복연구(R&D)(신규) :('26) 32억원

임승관 질병관리청장은 "코로나19 대유행 고비를 극복한 지금이 다음 팬데믹을 대비하기 위한 적기"라고 강조하며, "감염병 감시 및 대응 체계를 고도화함으로써 감염병 유행에 차질없이 대비하는 한편, 국가예방접종 확대, 만성질환 및 건강위해 위험요인 관리, 보건의료 R&D 등 예산도 빈틈없이 지원하여 국민을 안전하게 보호할 수 있도록 노력하겠다"고 밝혔다.

<붙임> 1. 질병관리청 2026년도 예산 전체 모습

2. 질병관리청 2026년도 예산 주요 내용

3. 질병관리청 2026년도 예산(카드뉴스)

“이 자료는 질병관리청의 보도자료를 전재하여 제공함을 알려드립니다.”

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