관세청은 부가가치세법에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련, 1월 1일부터 본격 시행한다고 밝혔다.

  그동안 수정수입세금계산서 발급 요건에 대한 해석 차이로 인해 불필요한 행정 소모와 납세자의 혼란이 있어 왔다. 이번 지침은 미발급 대상에 대한 세부 기준을 정립함으로써 납세자의 예측 가능성을 높이고 법적 안정성을 확보하는 데 목적이 있다.

  수입세금계산서는 수입시 수입자가 납부한 부가가치세를 추후 매입세액으로 공제받기 위해 사용된다. 이때, 수입신고 후 과세표준이나 세액이 변경되어 납부할 부가가치세가 변경되면 세관에서 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있으나, 관세포탈 행위 등 부가가치세법상 정하고 있는 미발급 기준에 해당하는 경우에는 수정수입세금계산서가 미발급되어 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없게 된다.

  이번 지침은 부가가치세법상 수정수입세금계산서 발급이 제한되는 '미발급 사유'를 명확히 판단할 수 있도록 구체적 기준을 제시했다. 

  특수관계자 거래에서 제출할 과세자료의 종류를 구체화하고, 관세조사 등에 의한 반복 오류에 대해서는 오류 유형 구분표를 제시하였다. 아울러 보정통지 미수정시 예외적 발급대상이 되는 '정당한 사유'의 범위를 정하고, 가격신고(과세자료)의 중대한 하자를 판단할 수 있는 세부 기준을 정하였다.

  관세청은 이번 지침 마련을 위해 지난 12월 5일부터 26일까지 3주간 관세청 누리집과 전국 순회 설명회(부산 18일, 서울 19일)를 통해 수집된 현장 의견을 적극 반영했다.

  동일 오류 반복 행위에 대한 적용 기간은 직전 관세조사 등으로 한정하였다. 적용 범위의 경우, 세번(HS) 적용 오류는 '동일(유사) 물품'으로, 금융비용·수수료 등의 과세가격 누락 오류는 '동일 거래조건'으로 정하는 등 분야별 구분표를 마련해 적용 기준을 명확히 하였다. 아울러 동일 오류 반복에 대한 질의회신 및 불복 결정 사례 등을 지침에 예시로 추가하여 현장 활용도를 높일 계획이다.

  특히, 가격신고(과세자료)의 중대한 하자에 대한 지침의 적용 시점을 올해 1월 1일 이후 가격신고 분부터 적용하도록 규정하였다. 이는 동 지침이 마련되기 전에는 부가가치세법 시행령 제72조 제4항 제4호의 중대한 하자에 대한 구체적 판단 기준이 수립되지 않았기 때문이며, 이에 따라 허위신고와 같은 명백한 위반행위가 아닌 해당 지침을 통해 판단해야 하는 사안에 대해서는 지침 시행일 가격신고 분부터 적용할 예정이다.

  또한, 납세자가 세관의 미발급 처분에 대해 직접 의견을 제시하거나 위원회를 통해 이의를 제기할 수 있는 절차를 포함하여 납세자의 권리보호 방안도 강화하였다.

  이명구 관세청장은 "이번 지침은 그간 해석이 모호했던 발급 제한 기준을 명확히 함으로써 행정의 투명성과 납세자의 예측 가능성을 높이는 데 중점을 두었다"며, "앞으로도 현장의 목소리를 반영한 합리적인 제도 운영을 통해 납세자의 권익을 보호하고 법적 안정성을 강화해 나갈 것"이라고 밝혔다.

별첨. 수정수입세금계산서 발급 지침(안) 전문