농업인이 농지를 농업법인에 출자할 때 부과되던 양도소득세가 이월과세로 전환된다.
농업용 기자재 부가가치세 영세율 적용 등 농업 분야 국세 특례 14건의 일몰 기한은 3년 연장돼 농가 경영 부담이 완화될 전망이다.
농림축산식품부는 농업 분야 조세특례를 연장·보완하는 내용을 담은 세법개정안이 지난 2일 국회 본회의와 23일 국무회의를 통과해 내년 1월 1일부터 적용된다고 밝혔다.
이번 개정으로 '조세특례제한법'상 농업 관련 세제 지원이 유지·확대되면서 농업인의 세 부담을 완화하고 공동영농과 농업법인 중심의 농업 구조 전환을 뒷받침하는 제도적 기반이 마련됐다.

그간 농업인이 농업법인에 농지나 초지를 출자할 경우 연 1억 원, 5년간 2억 원의 양도소득세 비과세 한도를 초과하면 초과분에 대해 세금을 납부해야 했다.
이로 인해 대규모 농지 출자를 통한 공동영농 활성화에 제약으로 작용한다는 지적이 있었다.
이번 법 개정으로 농업인이 농업법인에 농지를 출자할 때 한도 제한 없이 양도소득세를 즉시 과세하지 않고, 해당 농지를 법인이 추후 양도할 경우 법인세로 납부하도록 하는 이월과세 방식으로 전환된다.
이에 따라 농업인의 초기 세 부담이 줄어들고 농업법인 참여와 규모화가 보다 원활해질 것으로 기대된다.
농업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용과 영농자녀에게 증여하는 농지에 대한 증여세 면제 등 농업 분야 국세 특례 14건의 일몰 기한도 2028년 말까지 3년 연장된다.
이를 통해 농업 생산비 부담을 낮추고 농가 경영의 안정성을 지속적으로 지원한다는 계획이다.
농협과 산림조합의 조합원 및 준조합원을 대상으로 적용되던 예탁금 이자소득과 출자금 배당소득에 대한 비과세 특례도 3년간 연장된다.
다만, 총급여 7000만 원 또는 종합소득금액 6000만 원 이하인 준조합원에게만 비과세를 적용하고, 이를 초과하는 준조합원은 적용 대상에서 제외해 조세 형평성을 강화했다.
지역농협과 조합공동사업법인의 당기순이익에 대한 법인세 저율과세 적용도 일몰이 연장된다.
다만 당기순이익 20억 원을 초과하는 구간에 대해서는 과세 세율을 기존 12%에서 15%로 인상해 수익 규모에 따른 합리적 과세 체계를 도입했다.
윤원습 농림축산식품부 농업정책관은 "이번 농업 분야 조세특례 연장을 통해 농업인에게 지속적인 세제 혜택을 제공하고, 농가 경영 안정에 실질적인 도움이 되기를 기대한다"고 밝혔다.
문의: 농림축산식품부 농업정책관실 농업경영정책과(044-201-1723)
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