1949년에만 11만8621명이 국가보안법 위반으로 검거,투옥되었고 그해 9~10월에 132개 정당·사회단체가 해산 당했다. 전국 형무소의 80% 이상이 좌익수로 넘치는 등 국가보안법 위반 사건과 재판이 폭주하자 이러한 문제들을 법 개정으로 해결하려 했다. 개정법은 반인권적 조항들을 담고 있었다. 즉 삼심제 아닌 단심제 채택, 최고법정형으로 사형제 도입, 교화와 사상전향을 위한 보도구금제 도입 등이다. 1차 개정법률은 시행일을 대통령령으로 정하도록 했으나 대통령령이 제정되지 않아 시행되지 않았다.
△제2차 개정(일부개정 1950.4.21 법률 제128호)
제1차 개정에서 국가보안법이 단심제를 채택하고 법제정 이전의 과거행위까지 처벌하는 소급적용을 인정하는 등 형법원칙에 반하는 조항이 많아 이를 환원하려는 취지에서 2차 개정이 이뤄졌다. 제1차 개정 이후 국가보안법이 인권유린법률이라는 국내외 비난을 잠재우기 위한 성격의 개정이었다.
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△제3차 개정(폐지제정 1958.12.26 법률 제500호)
자유당 말기인 1958년 국가보안법은 다시 개정이 추진된다. 자유당은 1954년 4사5입 개헌으로 이승만 대통령 연임의 길을 열었으나 1956년 대통령선거와 1958년 제4대 국회의원 선거에서 멀어져가는 민의가 거듭 확인되자 정권의 심각한 위기 의식을 느꼈다. 이에 이승만 정권은 야당과 언론에 족쇄를 채워 위기를 모면하려 했다. 언론은 ‘언론의 자유를 봉쇄하기 위한 개정’이라며 비판했고 야당도 특위 소집 등 전면 대응에 나섰다. 그러나 이승만 대통령과 자유당은 무술경관을 동원해 야당 국회의원들을 감금하고 날치기 수법으로 국가보안법 개정안을 통과시켰다.
△제4차 개정(전문개정 1960.6.10 법률 제549호)
자유당정권의 3.15 부정선거로 촉발된 4.19혁명으로 집권한 민주당은 강압적으로 통과된 국가보안법을 개폐해야 한다는 여론을 배경으로 개정 작업에 착수했다. 1960년 5월30일 국회는 만장일치로 독소조항을 제거한 국가보안법 개정안을 통과시켰다. 그러나 일부 성과에도 불구하고 ‘불고지죄’를 신설하는 개악이 이뤄지는 등 여전히 한계를 갖고 있었다.
△반공법(제정 1961.7.3 법률 제643호)제정과 제5차 개정(일부개정 1962.9.24 법률 제1151호)
4.19혁명 후 집권한 민주당 정권은 남북문제와 관련된 혁신적 주장과 요구를 봉쇄하기 위해 반공법 제정을 추진했으나 좌절됐다. 그러나 반공법은 1961년 5.16 군사 쿠데타 직후 부활한다. 반공법 제정 당시 국가보안법과의 관계가 문제가 되었으나 정권은 국가보안법보다 반공법을 더 선호했다. 군사쿠데타 세력은 반공법 제정으로 그들 정권의 정당화 근거인 법적 수단을 갖추게 되었다.
△제6차 개정(전문개정 1980.12.31 법률 제3318호)
1980년 출범한 전두환 정권 역시 정권 유지 수단으로 국가보안법에 의존할 수 밖에 없었다. 1980년 12월 30일 국가보위입법회의는 국가보안법 개정안을 가결했다. 상정·제안설명·가결에 채 5분도 걸리지 않았다. 반공법의 처벌조항들이 모두 국가보안법으로 흡수되고 형량과 처벌이 확대 강화됐다.
△제7차 개정(일부개정 1991.5.31 법률 제4373호)
1987년 6월 항쟁으로 대통령 직선제 개헌이 이뤄지고 대통령 선거 때 각 후보자들로부터 악법 개폐의 공약들이 나왔다. 이후 노동계·대학가·종교계·법조계 등 사회 각계 각층에서 국가보안법 폐지 요구 목소리가 높아갔다. 당시 여당인 민자당은 1990년 3월 14일 국가보안법 개정안을 제출했고 야당인 평민당은 대체입법안을 제시했다. 1991년 5월 7일 민자당은 다시 수정안을 제시했고 5월 10일 다른 법안과 함께 날치기로 처리했다. 법안 제안 설명, 심사 보고, 수정 제의 보고 등 모든 절차를 서면으로 대체하면서 표결절차까지 생략한 채 일방적으로 가결을 선포했다. 이에 걸린 시간은 불과 35초.
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