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2,700여 개 영농조합법인, 납부한 법인세 170억 원 환급

2024.02.21 국민권익위원회
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안녕하십니까? 국민권익위원회 재정세무민원과장 이성섭입니다.

영농조합법인의 법인세 환급과 관련된 고충민원 처리 결과에 대해서 말씀드리겠습니다.

국민권익위원회는 세법상 부과제척기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물 재배업 소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해 주도록 국세청에 의견 표명하였습니다.

이번 고충민원 의견 표명의 요지는 농어업경영체 등록 확인서를 제출하지 않아서 법인세를 감면받지 못한 2,700여 개 영농조합법인이 이미 납부한 법인세 약 170억 원을 되돌려주도록 하는 내용입니다.

세부적인 사항을 간략히 말씀드리면 'ㄱ 영농조합법인'은 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하면서 식량작물 재배업 소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 과세관청에 신고하였지만 과세관청은 조세특례제한법 시행령에 따라서 농어업경영체 등록 확인서를 제출하여야만 법인세 감면 대상에 해당한다고 보고 이를 제출하지 않은 해당 법인에 대해 감면받은 세액을 추징하였고, 당시 해당 법인은 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진 납부하였습니다.

반면, ㄱ 영농조합법인과 같은 내용으로 법인세를 부과 받은 또 다른 영농조합법인은 이에 불복해서 법원에 행정소송을 제기하였으며 이에 대해서 대법원은 지난해 3월 농어업경영체 등록 확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 결정해서 'ㄴ 영농조합법인'이 최종 승소를 한 바 있습니다.

국세청은 대법원 판결에 따라서 감면을 적용하지 않고 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급해 주었으나 세법상 부과제척기간이 경과한 경우에는 소송 당사자가 아니면 부과 처분을 취소할 수 없다는 이유로 2017년 이전 부과분에 대해서는 환급해 주지 못하고 있는 상황이었습니다.

이에 대해서 ㄱ 영농조합법인은 이미 납부한 법인세를 환급해 달라며 국민권익위원회에 고충민원을 신청하였습니다.

국민권익위원회는 해당 고충민원을 처리하는 과정에서 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과 받은 영농조합법인이 더 있을 것으로 보고 국세청의 협조를 받아서 전체적인 실태에 대해 전국적인 전수조사를 실시하였습니다.

그 결과, 동일한 내용으로 법인세를 부과 받은 영농조합법인이 전국적으로 총 2,700여 개 업체, 법인세 총액 규모로는 약 170억 원에 달하는 것으로 나타났습니다.

이러한 조사 결과를 바탕으로 국세청과 국민권익위원회는 부처 간 협업을 통해서 영농조합법인에 대한 법인세를 감면하도록 하는 데 적극 협력하기로 하였습니다.

이번 국민권익위원회의 심의·의결을 통해서 영농조합법인의 법인세 감면과 관련해서 구 조세특례제한법 제66조에서 영농조합법인을 법인세 면제 요건으로 하고 있고, 또 해당 영농조합법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립되어진 영농조합법인에 해당하며, 대법원도 농어업경영체 등록 확인서 제출은 협력 의무에 불과하고 법인세 감면의 필수 요건에 해당하지 않는다고 판시한 점 등을 종합적으로 고려할 때 비록 세법상 부과제척기간이 지났더라도 해당 영농조합법인에게 법인세 감면을 적용해서 환급하고 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과 받은 나머지 2,700여 영농조합법인 약 170억 원에 대해서도 법인세 감면을 적용해서 환급하는 것이 타당하다고 결정하였습니다.

이와 관련하여서 국세청에서는 국민권익위원회의 결정을 받아들여 부과제척기간이 경과한 영농조합법인에 대해서도 조속한 시일 내에 법인세 부과 처분을 취소하기로 하였습니다.

이번 결정으로 국가 식량안보의 한 축을 담당하고 있는 전국 영농조합법인들이 세법상 미비로 인해서 적용받지 못할 뻔했던 법인세 감면 혜택을 받아서 2,700여 영농조합법인들이 약 170억 원에 달하는 세금 부담을 덜 수 있게 되었습니다.

저희 국민권익위원회는 앞으로도 납세자들이 세법상 혜택을 충분하게 받을 수 있도록 관련된 고충민원 처리에 최대한 노력해 나가도록 하겠습니다.

이상으로 보고를 마치겠습니다. 감사합니다.

<끝>

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